La chiesa ha origini molto antiche anche se non abbiamo elementi certe per stabilirle. Quando nell’898 le reliquie del Santo furono traslate dal santuario martiriale in località Quadrelle probabilmente la chiesa risiedeva ancora all’interno dell’antico tempio di Giove, che nel 1117 con la costruzione della Cattedrale verrà completamente inglobato. L’anno prima nel 1116 fu dedicata la cripta dedicata ai Santi Agapito Gordiano e Abbondio.

Dell’edificio romanico oggi rimangono tracce solo nella facciata, nel campanile e proprio nella cripta; purtroppo la distruzione della città del 1437-38 condusse anche al saccheggio della Basilica e alla depredazione delle reliquie dei tre Santi. Cinquecentesco è il portale di marmo, con gli stemmi del cardinal Girolamo Bassi Della Rovere e della famiglia Colonna, la quale detenne nella Cattedrale, nella navata destra, fino al 1630 la sua cappella funeraria, oggi coro d’inverno della chiesa, nella quale si conserva la bella tela di Girolamo Siciolante da Sermoneta rappresentante la crocifissione di Gesù.

Sempre del Sermoneta è anche il tronetto ligneo conservato in Basilica, vicino l’ingresso in sacrestia. La chiesa ospita anche altre tele importanti, come il Sant’Agapito tra i leoni di Andrea Camassei donato alla Cattedrale dai Barberini o la Decapitazione del Santo opera di Carlo Saraceni, commissionata dal prenestino Curzio Castrucci, entrambe databili al Seicento, o l’Annunciazione di Carlo Maratta. Oggi della chiesa medievale si conserva ben poco poiché tutta la Basilica è stata rinnovata alla fine dell’Ottocento con un ciclo di affreschi nell’abside con le storie della passione di Sant’Agapito, opera di Domenico Bruschi, e altri interventi nella navata centrale decorata con le imagines di una parte dei vescovi della Diocesi.

La cripta, riscoperta solo nel 1974, ha restituito con gli scavi archeologici recenti il ritrovamento della cassa reliquiario dei Santi Agapito Abbondio e Gordiano impiegata nel Medioevo per la conservazione dei corpi santi. Nella chiesa ha sede la Pia Unione Sant’Agapito e la confraternita del Santissimo Rosario. I festeggiamenti in onore del Santo patrono hanno luogo ogni anno in chiesa il 18 agosto, giorno del martirio di Sant’Agapito. Un tempo la chiesa faceva parte di un unico complesso ed era unita al palazzo adiacente che fa da quinta a P.zza Regina Margherita, l’ex episcopio della città poi divenuto Seminario e oggi importante complesso archeologico proprietà dello Stato.

Accesso libero da strada, con entrata laterale per le persone carrozzate. 

Per orari delle messe, visite e altro si consiglia di contattare direttamente la Curia vescovile ai numeri e mail indicata.